1996年5月，盐城工业专科学校和盐城职业大学合并成立盐城工学院。同年8月，由江苏省委高等学校工作委员会批准成立中共盐城工学院纪律检查委员会,纪委会由曹玉庆、董跃进、王福玉等3名同志组成。2006年4月学校首届党代会选举产生纪委会，纪委会由马汝伟、刘必清、李斌、施鲁莎、唐小芳、钱长锋、戴必明等7名同志组成。2012年11月学校第二次党代会选举产生第二届纪委会，纪委会由王福玉、孙琴、李斌、吴加才、洪林、钱长峰、韩同友等7名同志组成。2017年9月学校第三次党代会选举产生第三届纪委会，纪委会由王福玉、孙雷、孙爱东、吴登国、张雷、陈春雷、顾志兰、徐子连、谢毅敏等9名同志组成。2022年9月学校第四次党代会选举产生第四届纪委会，纪委会由于建业、严金龙、吴登国、何登溢、谷文华、陈伟、顾志兰、唐浩、陶应军等9名同志组成。

1996年12月，学校成立盐城工学院监察处，实行纪委、监察处合署办公。2004年8月学校机构改革中，保留原有机构，仍实行纪委、监察处合署办公。2019年6月省属高校纪检监察体制改革，撤销监察处，设立监察专员办公室，与纪委合署办公。

2006年5月设立校纪委办事机构纪委办公室，副处级建制。2011年10月升格为正处级建制。2019年6月28日校纪委机构调整为纪委办公室（正处级建制）、监督检查处（副处级建制）、审查调查处（副处级建制）。